בצה"ל גוברת ההכרה כי כדי לעקור את בסיסי הטרור הפלסטיני בג'נין יהיה צורך לכבוש את העיר מחדש

כאשר בצה"ל מדברים אחרי הקרב האחרון הקשה בג'נין השבוע, ביום ד' 29.9, כי צריך לשנות את כללי הקרב עם המחבלים הפלסטינים מאחר ולא מדובר רק בהתקלות אלא בקרב של ממש בו כמות האש והמטענים שהפלסטינים השתמשו מזכירה את עוצמת הקרבות בג'נין במבצע שומר חומות לפני 20 שנה ב-2002, הועלתה האפשרות כי בקרב הבא בג'נין יהיה צורך להפעיל מטוסי קרב נגד הבתים בהם המחבלים מתבצרים.  בקרב על ג'נין לפני 20 שנה צה"ל הפעיל מסוקי קרב.
מבלי לשים לב אופי הפעולות של צה"ל ביהודה ושומרון נוצרו באזור שתי ישויות פלסטיניות:
מרכז ההתנגדות המזוינת והטרור הפלסטיני בצפון השומרון שמרכזן  הוא ג'נין ושכם, וישות פוליטית פלסטינית ברמאללה וחברון.
אחד המפקדים שהשתתפו בקרב השבוע בג'נין אומר: 'הם (הפלסטינים ) השתפרו ממש, אתה רואה שהם מאופסים מה שנקרא'. 'זאת אומרת הם לא מרססים סתם, הם יורים מאוד מכוון. הם משנים את המיקומים, הם כובשים בתים, הם נכנסים לבתים לא מאוכלסים ומכנים בהם עמדות ומלאים של תחמושת ומזון. הם הולכים משתפרים!'  
מצבים אלה אינם חדשים בג'נין.
ג'נין, בה למעלה מ-40,000 תושבים, הייתה תמיד העיר הפלסטינית בה בגלל המבנה של המשפחות קבוצות הטרור בעיר תמיד הצליחו להקים מטה צבאי אחיד-מעין מטכ"ל מקומי שהקבוצות המזוינות המקומי נשמעו לפקודותיו. גורם שני חשוב הן קשרי החוץ של משפחות אלה עם גורמים בחמאס, הג'יהאד וחיזבאללה.  
כאשר קבוצות הטרור בג'נין עומדות בפני החלטה  חשובה-כמו שינוי האסטרטגיה שלהם הם לא רק מתייעצים עם גורמים אלה המספקים לג'נין גם כלי נשק, תחמושת וכספים, אלא הם מתכוננים מבצעית היטב לקרב הבא. הם קובעים מראש את העמדות המרכזיות מול צה"ל את דרכי הנסיגה ואת העמדות והקווים אליהם הם נסוגים.
עד עכשיו מתייחס צה"ל  למתרחש בג'נין כאל קרבות מקומיים. אבל גם בצה"ל חודרת לאיטה ההכרה כי בסופו של דבר צה"ל יצטרך לכבוש את ג'נין מחדש.
עצם העובדה כי במבצע שובר גלים צה"ל יצטרך לכבוש עיר פלסטינית מעלה את המלחמה בטרור לשלב חדש בו תהיינה תוצאות פוליטיות ובינלאומיות.
בג'נין בניגוד לשאר ערי הגדה האחרות, כולל בשכם, בהן האוכלוסייה המקומית איננה משתתפת בקרבות שבין קבוצות הטרור וצה"ל, האוכלוסייה המקומית לוקחת חלק פעיל בקרבות.
בג'נין האוכלוסייה המקומית משמשת כעורף לוגיסטי ומודיעיני, והן כמגן אנושי. התושבים האזרחיים  משמשים עורף אסטרטגי מקומי ומעניקים למחבלים סיוע לוגיסטי חיוני, כמו מזון, מחסה, אפשרות מעבר בטוח ממקום למקום. כמו כן הם מספקים ללוחמים מידע על תנועת הכוחות הישראליים ומעל לכל את ההסוואה האזרחית עליה הסתמכו הלוחמים אשר השתמשו גם בנשים ובילדים לא רק כתומכי לחימה אלא גם כלוחמים.   
 עד עתה נמנע צה"ל משימוש בנשק כבד והפגזה ארטילרית או הפצצה מהאוויר וזאת כדי להימנע מנפגעים אזרחים רבים. אולם דבר זה עומד להשתנות. בצה"ל מודעים לכך שבלי שימוש בנשק כבד ובתקיפות מהאוויר אי אפשר יהיה לכבוש מחדש את ג'נין כפי שצה"ל עשה לפני 20 שנה ב-2002.