חיל האוויר הפציץ 34 בסיסים של החמס והג'יאהד האיסלמי ברצועה. פוצצו חלקים של בתי החוטפים-רוצחים. פלסטיני הרוג מאש צה"ל בג'נין

הקבינט המדיני-ביטחוני הפסיק, ביום ג' 1.7, את דיוניו על התגובה לרצח של גיל-עד שער, נפתלי פרנקל ואיל יפרח ז''ל, והוא יחדש אותם בערב. תוך כדי הדיוניים החל חיל האוויר תוקף מטרות של החמס והג'יהאד האיסלמי בעזה. מטוסי קרב, וכלי טייס אחרים של חיל האוויר הפציצו 34 בסיסים ועמדות, אשר כולן היו ריקות. במילים אחרות, הדרג המדיני הורה לדרג הצבאי שלא לגרום אבידות או פציעות לאויב, שלא רק שרצח את הנערים, אלא ממשיך ללא הפוגה את ירי הטילים על מטרות בישראל.
מיד לאחר הפצצות נורו שלושה טילים מהרצועה אל חבל אשכול, היו פגיעות ישירות בבתים ונגרם נזק. לא היו נפגעים.
בכך אותתו החמס והג'יאהד, שבאם צה''ל יחריף את התגובה שלו על רצח הנערים, הם יכניסו לפעולה את הטילים שלהם בעלי מנגנון הנחייה, ופגיעות הטילים תהיינה מדוייקות יותר.
המקורות הצבאיים של תיקדבקה מציינים, כי גם צה''ל וגם החמס בעזה, ממשיכים לנהל עימות מבוקר, כאשר כל צד עדיין לא החליט מתי וכיצד הוא יחריף את תגובתיו,אם בכלל.
במקביל ביהודה ושומרון, פוצץ צה''ל ביום ג' לפנות בוקר, חלקים של בתי חוטפי הנערים מרואן אל קואסמה בן 37, ועמאר אבו עיישה בן 33, לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה עו''ד יהודה ויינשטיין אישר את הריסת חלקי הבתים ששמשו ישירות את החוטפים.   זו הפעם הראשונה לאחר שנים רבות שישראל חזרה לפוצץ חלקי בתים של מחבלים.  
כל אזור חברון ובו אוכלוסיה פלסטינית בת קרוב לחצי מיליון איש נשארה תחת סגר, כשהיא מוקפת בכוחות גדולים מאוד של צה''ל הממשיכים לחפש אחר החוטפים-רוצחים.
החיפושים נמשכים לאחר שהמידע המודיעני מצביע על כך, כי הם עדיין נמצאים בשטח. בכמה מקומות באזור הסגר פרצו עימותים בין צעירים פלסטינים  וכוחות צה''ל. בכמה מעימותים אלה פתח צה''ל באש על המתפרעים. כוח אחר של צה''ל, פעל לפנות בוקר נגד מטרות טרור במחנה הפליטים ג'נין. צעירים פלסטינים תקפו את הכוח במטעני חבלה, אבנים, מוטות ברזל ובקבוקי תבערה. צעיר פלסטיני שהשליך מטען חבלה על הכוח, נורה ונהרג.
יו''ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן, קיים במשך כל הלילה ולפנות בוקר, מגעים עם מנהיגים ברחבי העולם, וביקש מהם להשפיע על ממשלת ישראל למתן את תגובת צה''ל. לא התקבלו החלטות פלסטיניות חדשות לגבי גורלה של ממשלת האחדות-הפיוס הלאומי הפלסטינית.
מיד עם התקבל הידיעות הראשונות על מציאת שלושת הגופות היירויות של שלושת הנערים, דיוחו ביום ב' 30.6 המקורות הצבאיים של תיקדבקה: 
גופותיהם של שלושת הנערים גיל-עד שער, נפתלי פרנקל ואיל יפרח, נמצאו ביום ב'  30.6 לפנות ערב, בכפר כחיל, ליד העיירה הפלסטינית חלחול, שבועיים וחצי לאחר חטיפתם בגוש עציון כשהן יירויות.
מיד עם התקבל הידיעה בלשכות ראש הממשלה בנימין נתניהו, ושר הביטחון משה (בוגי) יעלון, הוחלט על כינוס דחוף עוד הערב של הקבינט המדיני-ביטחוני, כדי להחליט מה תהייה תגובת ישראל על הרג שלושת הנערים. 
המקורות הצבאיים של תיקדבקה מדווחים, כי כבר מסוף היום השני של חטיפת הנערים במוצאי שבת 14.6, עלה בקרב ראשי צה''ל וגופי המודיעין ובעיקר השב''כ, החשש הכבד כי שלושת הנערים, כולם, או חלקם, איננו בחיים. החשש הפך כמעט לוודאות לאחר שאפשר היה לשמוע בקלטת של השיחה שנקלטה במוקד המשטרה 101 מהנערים החטופים, קולות ירי, ואת חילופי הדברים של החוטפים, מרואן אל קואסמה בן 37, ועמאר אבו עיישה בן 33,  המתאמים ביניהם את הירי.  מיד לאחר הירי הטלפון הסלולארי הפסיק לפעול. מה שלא היה ברור לגופי המודיעין, אם כל השלושה נהרגו, או שלפחות אחד מהנערים נשאר בחיים, כשהוא פצוע.
מה שלא ברור עדיין, באם גם בדיקת המכונית החטיפה השרופה, שנגנבה קודם לכן מצור הדסה ליד ירושלים, שנמצאה בכפר דורא ליד חברון, לא יכלה לספק תשובה לשאלה זו, מאחר והשרידים היחידים למה שנמצאו בה, היו הקליעים בהם הנערים נרצחו. זו הסיבה מדוע מערכת הביטחון נקטה בשבועיים וחצי האחרונים מדיניות לפיה ההנחת העבודה של צה''ל ושל הדרגים המדיניים הייתה, 'כי הנערים חיים כל זמן שלא הוכח אחרת'. כל ההשתשלות הזו הייתה ידועה היטב להוריהם של שלושת החטופים, שבכל תקופת החיפושים גילו לא רק אומץ לב בלתי רגיל, אלא תכונות בלתי רגילות של כבוד אישי ואנושי.
הדרגים המדיניים והצבאיים, מראש הממשלה נתניהו, שר הביטחון יעלון, והרמטכ''ל בני גנץ, התבטאו בכל הזדמנות שהייתה להם, כי אם יתברר כי החטופים נפגעו, תגובת ישראל תהייה חמורה. עדיין לא ברור  באם תגובת צה''ל תהייה רק נגד תשתית החמס החברון, או התגובה תתרחב גם לחמס ברצועת עזה.