חשש כבד כי טורקיה, חיזבאללה, והחמס, יגיבו בצעדים צבאיים על פעולת ההשתלטות של צה"ל. צה"ל בכוננות לאורך גבולות לבנון ועזה. חיל האוויר וחיל הים בכוננות בים התיכון. כוננות ביטחונית בתוך ישראל. יוון הפסיקה את התמרון האווירי עם צה"ל

המקורות הצבאיים של תיקדבקה: חשש כבד בצה"ל כי טורקיה, חיזבאללה, והחמס, יגיבו באמצעים צבאיים על פשיטת צה"ל על המשט לעזה. בפשיטת צה"ל נהרגו לפחות 14 איש ממשתפי המשט וכ-40 מהם פצועים. ממשלת טורקיה הורתה ביום ב' 31.5, לרמטכ"ל הטורקי גנרל אילקר באסבאג General İlker Basbug, להפסיק מיד את ביקורו במצרים ולחזור במטוס מיוחד לאנקרה. הוראה זו מצביעה על כך כי הממשלה הטורקית איננה מוציאה מכלל אפשרות צעדים צבאיים טורקיים נגד ישראל.
מקורות טורקיים: בהשתלטות צה"ל על האונייה 'מרמרה' יש לפחות רק 15 הרוגים טורקיים.
סימן נוסף למתיחות הצבאית הגואה בין טורקיה וישראל היא העובדה, עלייה מדווחים עדי ראייה מאזורי חוף שונים בארץ, כי מטוסים של חיל האוויר הישראלי חוצים במשך כל הבוקר את קו החוף הישראלי מערבה לכיוון מזרח הים התיכון. המטוסים פורשים מטרייה אווירית מעל האוניות המשט, בהן בעת כתיבת שורות אלה בשעה 10:30 בבוקר, פעולת השתלטות של צה"ל על הספינות עדיין נמשכת.
מקורות תיקדבקהבאנקרה מוסרים, כי הטורקים שוקלים בין השאר להוציא אוניות טורקיות נוספות לעבר עזה, שתהיינה מלוות באוניות מלחמה ומטוסים טורקיים. מפגינים טורקים באיסטנבול, קוראים לצבא בטורקיה לשלוח אוניות ומטוסים כדי למנוע ש/אוניות המשט לעזה שנתפסו על ידי צה"ל תגענה לאשדוד.
גם ממשלת יוון החליטה לנקוט צעדים חריפים נגד ישראל. התמרון האווירי המשותף של חילות האוויר של יוון וישראל, הופסק, והכוחות הישראליים נתבקשו לצאת מיוון.
דובר צה"ל תת-אלוף אבי בניהו, הגדיר את ההתנגדות של משתתפי המשט לחיילי צה"ל 'כאירוע טרור, ופיגוע שארע בלב ים'. דובר צה"ל אמר, כי משתתפי המשט השתמשו בנשק חם שהייה בידיהם. לדבריו, בידי לפחות 2 הרוגים ממשתפי השייטת נמצאו אקדחים עם מחסניות ריקות.
קודם לכן מסר דובר צה"ל, כי משתתפי המשט חטפו את נשקו של אחד החיילים ופתחו בו באש על חיילי צה"ל. מספר הפצועים מקרב חיילי צה"ל הוא 10, לפחות אחד מהם פצוע קשה. אין הרוגים מבין חיילי צה"ל.
במערכת הביטחון ובצה"ל יש ההערכה כי החיזבאללה והחמס יגיבו בהפגזות על ישובים ישראליים. ההערכה היא כי לא חיזבאללה ולא החמס, יוכלו שלא לפעול,לאחר שמשתתפי המשט הפעילו בעצמם התנגדות אלימה ומזוינת נגד חיילי צה"ל.
דובר צה"ל אמר, כי עינו של צה"ל פתוחה למתרחש בגבולות הצפון והדרום, ועל המתרחש בריכוזים ישראליים ויהודיים בחוץ לארץ.