שר הביטחון אהוד ברק, והשרים 'הביטחוניים' בממשלת נתניהו, ברחו מאחריות על פעולת ההשתלטות על המשט לעזה
המקורות הצבאיים של תיקדבקה: סגן שר הביטחון מתן וילנאי דחה בבוז את הקריאות ביום ג' 1.6 בבוקר, להתפטרותו של שר הביטחון אהוד ברק, ככאלו שבאות מצד אנשים 'שאינם יודעים אפילו להשיט חסקות' כדבריו. כלומר, מאלה שאפילו לא נרטבו במים. אולם סגן שר הביטחון איננו אומר אמת. עיקר הדרישה אם לא לפיטוריו, אבל לפחות ללקיחת אחריות אישית של שר הביטחון, באה דווקא מצד אלה אשר מבלים את כל חייהם המקצועיים בתוך המים, כלומר משורות חיל הים הישראלי.
המקורות הצבאיים של תיקדבקה מדווחים כי לאנשי חיל הים יש 3 טענות מרכזיות:
1. שר הביטחון אהוד ברק היה מעורב בכל פרט הכי קטן של תכנון והכנת פעולת ההשתלטות על אוניות המשט לעזה, ובתור שכזה האחריות על הצלחת או כישלון הפעולה מוטלת רק עליו.
2. בגלל חששותיו איך הפעולה הזו תתפתח ולאן היא יכולה להתגלגל ואיך היא תתקבל מחוץ לישראל, הציוד בו היו מצוידים לוחמי השייטת, הדרך בה הם נשאו אותו, וכללי השימוש בו, הוכתבו אישית על ידי שר הביטחון.
המקורות הצבאיים של תיקדבקה לא ייכנסו לפרטים המבצעיים הדקים האלה ומה הייתה משמעותם הצבאית, אולם הטענה העיקרית של אנשי חיל הים והשייטת היא, כי אם לוחמי חיל הים היו מופיעים בצורה שונה על סיפוני 'המרמרה', ונשקם היה מוצג בצורה שונה הדבר היה מרתיע, לפחות חלקית, את אנשי הטרור שתקפו אותם. רק כאשר אנשי הטרור ראו כי לא נשקפת להם סכנה מיידית מאנשי השייטת החלה האלימות.
3. מאחר וגם מהמסוק שהוביל את הלוחמים אפשר היה לראות מאות אנשים מצטופפים על הסיפונים, מדוע לא נשלח מסוק עם גז מדמיע שהיה מפזר אותו על הסיפונים טרם הנחיתה. פעולה כזו הייתה מכריחה את אנשי הטרור לרדת מהם, ומאפשר ללוחמי השייטת לנחות על סיפונים 'נקיים'?
ואלה הן רק חלק מהטענות שמועלות נגד שר הביטחון אהוד ברק.
סגן שר הביטחון מתן וילנאי אמר ביום ג' כי הלקחים יילמדו וייושמו כבר בפעולות לעצירת משטים באים לעזה. המקורות הצבאיים של תיקדבקה מציינים כי הלקח העיקרי שצריך ללמוד הוא שראש הממשלה נתניהו, ושר הביטחון אהוד ברק, צריכים לומר בפה מלא, מה שהיו צריכים לומר עוד לפני פעולת צה"ל ביום ב' נגד המשט, כי אם אוניות תנסנה לשבור את המצור הימי על עזה, אוניות חיל הים תפתחנה עליהם באש אזהרה, ובאם הן תמשכנה בכל זאת בדרכן הן תפגענה ישירות על אחריותן. אי אפשר לדרוש מחיילי השייטת, לאחר שמטילים עליהם את כל ההגבלות שבעולם, להשיג את המטרה שהמדינאים והפוליטיקאים מפחדים מלבטא בקול רם.
ישראל צריכה גם להבהיר כי אם יישבר המצור הימי על עזה תוך זמן קצר יתחילו להגיע לעזה אוניות עם טילים איראניים בליסטיים, בדיוק כפי שהם מגיעים היום ללבנון, ותוך זמן קצר החמס יהפך להיות חיזבאללה מס' 2. ישראל איננה מוכנה לחתום על כתב ההתאבדות שלה.
ועוד בנושא האחריות: לאן נעלמו ונאלמו במשך יום ב' כל השרים הביטחוניים של הממשלה, החל מראש הממשלה בפועל רב אלוף במיל. משה (בוגי) יעלון. סגן ראש הממשלה בני בגין, והשר אלוף במיל. יוסי פלד? ברגעים המכריעים, בדיוק כמו שר הביטחון אהוד ברק, הם העדיפו לברוח מאחריות. הם כל כך התרחקו מנמל אשדוד, עד אשר היה צריך לשלוח לשם את שר האוצר יובל שטייניץ, כאשר ממשרדיהם הנוחים לא נשמעה אפילו מילת עידוד אחת לחיילים ולאנשי הביטחון.