ביירות הפכה להיות בירת המחבלים הפלסטינים. ראשי מנגנוני הטרור של החמאס והג'יהאד האיסלמי מצאו שם מקלט ופועלים מתוכה
לפחות שלושה מנהיגים של החמאס והג'יהאד האיסלמי מצאו לאחרונה מקלט בביירות ופועלים משם לארגן פעולות טרור נגד ישראל. מקורות בביירות מדווחים, כי ראש מנגנון הטרור של החמאס סאלח אל ערורי פועל לאחרונה מהבירה הלבנונית. כמו כן נמצאים בביירות חאליל אל-חייה חבר בהנהגה המדינית של החמאס, וזאהר ג'בארין, שהוא סגן המפקד של החמאס בגדה המערבית.
כן פועל מביירות ראש ארגון הג'יהאד האיסלמי זאד נחלה.